La premier problème sanitaire provient des eaux usées déversées dans la rue, auxquelles se mêlent des particules de fer arrachées aux essieux des voitures :

« Elles sont [écrit Mercier] d’une odeur insupportable aux étrangers, par la quantité de soufre et de sel nitreux, dont elles sont imprégnées ; les taches qu’elles font, brûlent l’étoffe. »

Chaque promenade devient par conséquent un véritable parcours du combattant, auquel s'initie d'ailleurs le jeune Nicolas Le Floch dès son arrivée dans la capitale.

La gravure de Dunker ci-contre illustre le chapitre du Tableau de Paris consacré aux rues transformées en ruisseaux. On y voit les Parisiens se livrer à des prouesses acrobatiques afin de ne pas se salir. On voit aussi, en arrière-plan, un décrotteur et sa planche à roulettes.

Cependant, plus que les salissures provoquées par la boue, ce sont surtout ses émanations que l'on redoute car elles sont supposées porter les germes de nombreuses maladies. À partir de 1750, l’air est en effet perçu comme la combinaison d’éléments chimiques plus ou moins nocifs. Il est qualifié de « méphitique ». On craint, non pas la mauvaise odeur, mais celle qui signale un processus de décomposition : la série en témoigne à plusieurs reprises (voir Pascale Arizmendi, "Nicolas Le Floch", le Tableau de Paris de Jean-François Parot, Presses Universitaires de Perpignan, mars 2010, p. 79 et sq.). L’odorat apparaît donc comme l’instrument idéal pour mesurer l’insalubrité de la capitale.

Aussi Jean-François Parot ne manque-t-il pas de faire très souvent allusion aux odeurs de la capitale, surtout en période estivale. Ce sont celles, parfois « infectes », des poissons vendus sur les étals, celles du sang du bétail abattu, qui s'écoule au milieu des rues, ou celles du suif émanant des fonderies. Ce sont aussi les odeurs d’urine, que dégagent les murs et les portes et qui imprègnent jusqu'au tissu des carrosses, chacun se soulageant comme il peut.

Ci-dessous, une gravure gravée en 1772 par Louis-Marin Bonnet d'après les dessins du Sr le Clerc. Intitulée A beau cacher, elle met en scène une femme se soulageant dans la rue. Bien que sa compagne se soit placée devant elle de manière à la soustraire au regard des passants, elle n'échappe pas au regard curieux du badaud à sa fenêtre.

À partir du cinquième roman, la série s’efforce aussi de montrer les efforts de modernisation de la capitale en ce domaine. Dans Le Crime de l'hôtel de Saint-Florentin, avoir des "retraits" à chaque étage est par exemple un argument de choc pour la tenancière de l'hôtel de Russie. L’hôtel du duc de la Vrillière est quant à lui doté de lieux dits "à l’anglaise". L'expression souligne en l'occurrence l'avance prise en la matière par la grande rivale de Paris. Quant à Tirepot, il met en évidence la modernisation de la capitale française : alors qu'il était l'un des "cris" représentatifs de la capitale en 1761, on constate qu'en 1775, il a été contraint de lâcher le métier, faute de pratiques.

Rien n'est gagné car les maisons des plus pauvres ne sont pas pourvues de lieux d'aisance et quiconque s'aventure dans leurs quartiers délaissés s'expose, comme Nicolas dans Le Cadavre anglais, à voir un paquet mou et malodorant tomber à ses pieds. Quant aux propriétaires des maisons mieux nanties, ils laissent leurs fosses s'engorger. Une odeur pestilentielle envahit alors le voisinage, qui a recours au lieutenant général de police, seul habilité à régler le contentieux. En voyant une vidangeuse opérer dans Le Sang des Farines, Nicolas se rappelle un semblable litige :

« Ce n'était pas la première fois qu'il la rencontrait. Quelque temps auparavant, Le Noir l'avait envoyé démêler une sordide affaire. Une odeur fétide s'exhalait d'une maison appartenant à M. de Chaugny, colonel de cavalerie qu'il convenait de contraindre à remettre en état sa fosse d'aisances encombrée de pierres. La contestation avait été vive entre la maîtresse femme et le vieux militaire qui, prétendant que sa négligence était commune, renâclait devant le coût de la vidange. »

L’odeur des morts est également particulièrement prégnante dans la capitale. La série le mentionne : on essaie en vain, dans l'église Saint-Eustache comme dans celle des Carmes déchaux, de masquer celle qui monte des cryptes par de l’encens brûlé à profusion. Pendant la seconde moitié du siècle, une vaste campagne a du reste été menée afin d’éloigner les cimetières des vivants. Elle aboutira en 1780 à la fermeture du cimetière des Innocents :

« Le Parlement écouta les réclamations des habitants qui environnent le cimetière ; il consulta des chimistes et des physiciens. Les connaissances nouvellement acquises sur l’air méphitique, furent employées utilement. Il fut reconnu que l’air du cimetière des Innocents était le plus insalubre de Paris. Les caves adjacentes étaient méphitisées au point qu’il fallut en murer les portes : le danger était pressant ; le cimetière fut fermé le 1er décembre 1780. » (Mercier, Tableau de Paris, chap. 205)

Les cadavres – ou ce qu'il en reste – infestent aussi les eaux de la Seine. Quant ce ne sont pas les corps de personnes "homicidées", ce sont des fœtus ou des restes de corps disséqués à la sauvette par des étudiants en médecine, ainsi que l'attestent les rapports des médecins légistes.
Extraits des Registres des rapports des médecins et chirurgiens du Châtelet, et visites de cadavres à la morgue, Archives nationales, série Y 10642.
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La Seine reçoit aussi, outre les déjections humaines, le sang des boucheries et les teintures. Comme son "contemporain" Mercier, Nicolas ne manque pas de déplorer dans Le Cadavre anglais le fait que ce soit précisément cette eau souillée qui alimente la ville.

La nourriture constitue elle aussi un réel problème de santé publique : la série le montre à plusieurs reprises. Les restes des cuisines sont revendus aux marchandes de soupe. Quand celles-ci – telle la vieille Émilie – sont trop pauvres pour les acheter, elles s'approvisionnent à même les charniers.

Outre les restes de cuisine, on revend aussi sans sourciller les hardes des gens qui sont morts de phtisie – ou tuberculose –, au risque de contaminer la ville entière.

C'est ce qu'illustrent, à gauche et à droite, deux gravures de Dunker (Tableau de Paris, 1785), intitulées Le Regrat de Paris et Le Regrat de Versailles. À Versailles, les domestiques se livraient en effet au même négoce – ou regrat – que leurs confrères parisiens, mais leurs tarifs étaient plus élevés.

La présence des punaises et des rats, sur laquelle insiste à plusieurs reprises la série, n'est donc que la partie visible des dangers sanitaires encourus par les Parisiens.

Aussi le lieutenant général de police, en charge de la santé publique, redoute-t-il particulièrement toute menace d'épidémie.

C'est ce que met en scène Jean-François Parot. Dans L’Affaire Nicolas Le Floch, la mort de Louis XV est l'occasion d'évoquer le comportement des autorités face à la variole, dite petite vérole. Dans Le Crime de l’hôtel Saint-Florentin, c'est la maladie du charbon que tente d'endiguer Le Noir.